В день нападения Германии на СССР подводные лодки Краснознаменного Балтийского флота (КБФ) насчитывали 69 единиц и были сведены в 3 бригады и отдельный учебный дивизион при учебном отряде подводного плавания. 1-я бригада предназначалась для обслуживания южной и центральной части Балтийского моря, 2-я бригада — для обслуживания Финского и Ботнического заливов, в учебную бригаду входили все строящиеся и капитально ремонтирующиеся подводные лодки.
После зимней кампании 1939-1940 гг. советское командование извлекло уроки из неудач и незначительных успехов наших подводных лодок на Балтике. Теперь субмарины базировались по всему советскому балтийскому побережью, включая территорию только что вошедших в состав СССР Прибалтийских республик и арендованную у финнов ВМБ Ханко. 1-я бригада подводных лодок (командир Герой Советского Союза капитан 1-го ранга Египко Н.П.) включала в себя четыре дивизиона.
