Несмотря на поражение при Аустерлице и выход Австрии из войны, с подписанием франко-австрийского договора, в соответст­вии с которым австрийский император Франц II признавал все завоевания Наполеона, государь Александр I оставался непреклонным в своем стремле­нии «спасти Европу» от Наполеона. Теперь надежды возлагались на союз с Англией, Швецией и Пруссией.

Из-за нереши­тельности короля Фридриха-Вильгельма III Пруссия пропустила в 1805 г. исключительно удобный случай обрушиться со своей 100-тысячной армией в тыл Наполеона. Виль­гельм III, опасавшийся, что после по­ражения Австрии очередь дойдёт и до Пруссии, заключил в июле 1806 г. во­енный союз с Россией. Под давлением своих подданных, пос­ле долгих колебаний король уступил общему желанию и объявил войну Франции. Наполеону был отправлен дерзкий ультиматум: очистить Германию; созвать конгресс для всеобщего при­мирения; признать Северо-Германский союз во главе с Пруссией, созданный в противовес Рейнскому Союзу На­полеона.

Французский император, конечно, предвидел такой оборот дел и потому не особенно торопился с выводом своей армии из немецких земель по окончании кампании 1805 г. В мо­мент конфликта в августе 1806 г. у него там находилось 6 корпусов. Но Наполеону и на этот раз удалось не допустить со­единения союзных армий.

Сосредоточив в Шварцвальде (юго-запад Германии) до 80 тыс. войска, он дождался подхода двух прусских армий: князя Ф.Л. фон Гогенлоэ и герцога Брауншвейгского, каждая численностью по 60 тыс.  2 (14) октября 1806 г. Наполеон нанес Гогенлоэ  сокрушительное поражение в Саксонии под Йеной. Измотанная армия Гогенлоэ отошла через Ораниенбург на Пренцлау, стремясь достичь Штеттина. Но 28 октября предприимчивый маршал Й. Мюрат сумел убедить князя, что его войска окружены 100-тысячной французской армией. Поверив хитрому гасконцу, Гогенлоэ предпочёл сдаться. У Пренцлау французы захватили 17 тыс. пленных и 64 пушки.

Герцог Брауншвейгский был разбит в тот же день под Ауэрштедтом корпусом маршала Л. Даву. Смертельно раненого герцога заменил генерал-лейтенант фон Блюхер. Сильнейшая крепость Германии — Магдебург с 23-тысячным гарнизоном при 450 орудиях сда­лась без выстрела двум эскадронам французских гусар… Берлин также сдался без боя, а французскому императору как победителю поднеси ключи от города. Таким образом, Наполеон в три недели покорил всю Пруссию.

Пруссаков охватил ужас, и они не думали о продолжении борьбы: сильные крепости сдава­лись французским разъездам по первому их требованию. Король бежал под защиту русских штыков. Из 186 тыс. прусских войск около 25 тыс. человек было убито и ранено, свыше 100 тыс. сдалось в плен, до 45 тыс. — дезер­тировало. Оставалось лишь 14 тыс. генерала Лестока, который в последствие отличился в сражении при Прейсиш-Эйлау.

Россия вновь была вынуждена одна противостоять Бонапарту. Те­перь русскими войсками командовал фельдмаршал граф Каменский М.Ф. — ветеран Семилетней войны и Задунайского похода, так как Александр I отстранил Кутузова, воз­ложив на него вину за Аустерлицкое поражение. Военные действия раз­вернулись на территории Поль­ши и Восточной Пруссии.

Однако к ноябрю на Висле находилось лишь около половины всех русских войск — 60 тыс. под командованием генерала Беннигсена Л.Л., рас­тянутых в кордонную линию от Плоцка до австрийской границы на протяжении 350 верст. Части Лестока, под­чиненный Беннигсену, находились на нижней Висле. Упоенные победой над пруссаками, французы подошли к Висле, где их триумфальное шествие и закончилось. Тут они встретились с другой армией, с солдатами иного закала!

19 ноября французы овладели Варшавой и Прагой. И снова из-за численного пре­восходства неприятеля  русским войскам пришлось отступить — Беннигсен отвел свой корпус на соединение с корпусом Буксгевдена Ф.Ф. к Остроленке. Французы даже его не преследовали, нуждаясь в отдыхе, они стали устра­иваться на линии Вислы. Видя это, Беннигсен повернул назад и стал стягивать войска в районе города Пултуска.

14 декабря 1806 г. у Пултуска и произошло первое столкновение. В решающий момент боя, когда фран­цузы были уже близки к победе, командовавший правым флангом русской армии генерал Барклай-де-Толли М.Б. повёл своих солдат в штыковую атаку и опрокинул отборные части фран­цузского маршала Ланна, направленного Напо­леоном для захвата переправ через Нарев. Это ре­шило исход боя.

В этот же день произошло ещё два арьергардных боя. Под Черновым 5-тысячный отряд Остермана-Толстого весь день удерживал на реке Вкре до 20 тыс. французов, а под Голыминым Голицын и Дохтуров продержались 10 часов, имея против 4-х пехотных наполеоновских дивизий — 4 пехотных полка, а против всей конницы Мюрата (4 кавалерийских дивизии) — лишь 4 полка русской конницы.

В тот же день 14-го декабря из-за болезни и преклонного возраста Ка­менский сложил с себя звание главнокомандующего и передал командование Буксгевдену. Стоит заметить, что во время выше описанных боёв Буксгевден с 2-мя диви­зиями стоял в Макове — на равном расстоянии от Голымина и Пултуска, но не оказал содей­ствия ни Голицыну с Дохтуровым, ни Беннигсену.

Однако русское командование не воспользовалось плодами победы и приказало про­должить отступление. 15-го декабря наша армия спокойно отошла за Нарев. В конце ноября Буксгевден был отозван, а главно­командующим стал генерал Беннигсен.

Зима 1807 г. выдалась очень су­ровой. Несмотря на это боевые дейст­вия шли с небывалым ожесточе­нием, Беннигсен решил не­медленно атаковать врасплох ставшего на зимние квартиры противника и разбить его по частям. Своим первым объек­том он избрал два левофланговых корпуса Нея и Бернадотта, находившихся в южной части Восточной Пруссии.

95-тысячная русская армия выступила 4 января 1807 г., а Наполеон узнал об этом лишь 14 января — через 10 дней! К сожалению, наша армия двигалась очень медленно – за 10 дней было пройдено всего 120 верст. Кроме этого, вместо немедлен­ной атаки войска два дня бездействовали, а Ней, заметив опасность, благоразумно отошел на соединение с ар­мией. Также была упущена возможность раз­бить Бернадотта, которого Беннигсен упустил у Остероде.

27-го января Наполеон атаковал главные силы русской армии у Прейсиш-Эйлау в Восточной Пруссии (теперь это город Багратионовск в Кали­нинградской области). Авангард под командованием Барклая-де-Толли упорно отражал все атаки французов. Раненный в правую руку осколками гранаты, мужественный генерал не покидал поле боя.

Не­ожиданно небо заволокли тучи; по­шёл сильный снег, и стало темно как ночью. В темноте французы вновь стремительно атаковали. Ко­мандиру французской кавалерии маршалу Мюрату удалось прорвать русские оборонительные позиции. И тогда, в самый опасный момент сражения, генерал Ермолов А.П., коман­довавший конной артиллерией, прискакал к месту прорыва, развер­нул пушки на позиции и огнём ос­тановил неприятеля. Французские войска вынуждены были отойти. Это было первое сражение, которое Наполеон не выиграл.

В начале февраля русская и французская армии отошли на зимние квартиры. К весне обе армии значительно усилились. Войско Наполеона насчитывало свыше 200 тыс. человек. Из них корпус Массены (32 тыс.) он оставил на Нареве в обеспечение своего правого фланга, а с остальными силами предполагал перейти в конце мая в решительное наступление.

Однако Беннигсен предупредил императора французов. Имея около 105 тыс. солдат, не считая 20-тысячного корпуса Тучкова Н.А., оставленного против Массены, Беннигсен решил захватить инициативу в свои руки. Несмотря на более чем полуторное превосходство сил Наполеона, 24-го мая Леонтий Беннигсен двинулся к Гутштадту, где, как в зимний поход, изолировано от других частей, стоял корпус маршала М. Нея. С двумя, успевшими подойти корпусами  Багратиона П.И. и Дохтурова Д.С., Беннигсен его разбил.

Гутштадтское дело сподвигло Наполеона поторопиться. Император выступил 27 мая, намереваясь отрезать Беннигсена от Кенигсберга. 29-го числа, не дождавшись сосредоточения всех своих сил, он атаковал русских на позиции у Гейльсберга, но был отбит.

У Беннигсена на гейльсбергской позиции было до 85 тыс. войска. Наполеон располагал почти 115 тыс. Но из всех этих сил с той и с другой стороны в сражении участвовало не более половины. Беннигсен расположил большую часть своих полков на пра­вом берегу реки Пассарги, тогда как французский император атаковал на левом. В этом деле русская сторона потеряла до 8 тыс. человек, а французы — до 12 тыс.

На следующий день Наполеон двинулся в обход гейльсбергской позиции, а Беннигсен отступил к Фридланду.  31 мая главнокомандующий расположил там свою армию, уперев оба ее фланга в реку Алле, дела­ющую у Фридланда излучину. Вскоре к Фридланду подошел корпус маршала Ланна, состоявший в авангарде Великой армии. Беннигсен вновь упустил случай разбить авангард неприя­теля. 2 июня Наполеон с 80 тыс. войска атаковал 46-тысячную рус­скую армию и после упорного боя, понеся значительные потери,  одержал побе­ду под Фридландом.

Одновременно дивизии Даву, Сульта и Мюрата овладели Кенигсбергом, таким образом, Наполеон занял почти всю Восточную Пруссию. 6 июня русская армия отошла за Неман, а через неделю было заключено перемирие. Россия была не в состоянии про­должать борьбу с прежним упор­ством, но и силы Наполеона были на исходе. Уже тогда французский император понял, ка­ким серьёзным противником может быть русская армия, опровергшая в этой кампании легенду о непобедимости Наполеона.

Летом 1807 г. императоры Александр I и Наполе­он I встретились близ Тильзита в Восточной Пруссии на реке Неман. 25 июня был подписан русско-французский мир­ный договор. Александр I стремился сохранить Пруссию как независимое государство и ради этого в ходе переговоров пошёл на большие уступки в других вопросах. Россия признавала все французские завое­вания в Западной Европе, соглашалась с образованием на территории польских владений Пруссии зависимого от Франции герцогства Вар­шавского.

Впоследствии герцогство Варшавское стало плацдармом для вторжения на русскую территорию. Кроме того, Россия присоединялась к объявленной Наполеоном конти­нентальной блокаде Англии, т. е, должна была полностью отказаться от торговли со своим главным партнёром. Это условие было очень тяжёлым; принятие его нанесло большой ущерб российской эконо­мике.