В мае 1682 г. произошло восстание стрельцов в Москве, а летом — осенью этого же года происходили волнения среди стрельцов и солдат в Смоленске, Астрахани, Казани, Курске, Гремячем. Крестьяне митрополита белгородского и обоянского Мисаила потребовали освобождения от крепостного состояния при известии о том, что «на Москве побили бояр».

Намечалось стремление к объединению столичных и городовых служилых людей — стрельцов, солдат и других, крестьян, посадских, работных людей, холопов. Перед властями вставал грозный призрак нового, еще более мощного движения. Но в силу ряда причин (плохая организованность, раздробленность и разновременность выступлений, сложность обстановки в столице, противоречия среди участников движения, царистские настроения) отдельные, хотя и сильные, проявления классовой борьбы не слились воедино, и восстания окончились поражением.

Правительство спешило ликвидировать последствия московского восстания 1682 г. Строгие меры приняли против раскольников. Согласно указу 1685 г., их предписывалось жечь в срубах за хулу на церковь, распространение «мятежа», за подговор к самосожжению. Начались жестокие гонения и облавы.

Суриков В.И. "Утро стрелецкой казни" (фрагмент)

Суриков В.И. "Утро стрелецкой казни" (фрагмент)

Но, несмотря на все меры, волнения не затухали. В 1683 г. на Дону волновались раскольники во главе с елецким кузнецом Кузьмой Косым. Казацкая старшина (верхушка) говорила по этому поводу представителю правительства, что «воровские замыслы и смуты» идут от московских раскольников и стрельцов, ссылаемых в южные города «за разные воровства». Они уходят из этих городов на Дон, где «в кругах оспаривают царские указы и дела, ворам потакают и кричат… Старшинам и добрым козакам говорить нельзя, потому что всех нас побьют». В конце декабря 1683 г. новый начальник Стрелецкого приказа Шакловитый Ф.Л. разослал из Москвы на окраины многих стрельцов, в первую очередь астраханцев, во избежание нового Смутного времени.

В 1680-1690-е гг. движение раскольников получило сильное распространение. Они основали новые скиты в Поморье, Поволжье, на Дону, бежали на Урал и в Сибирь, за пределы государства. Началась эпидемия самосожжений, отражавшая разочарование значительных кругов народа в активных формах классовой борьбы после поражений второй Крестьянской войны и московского восстания 1682 г. Тем не менее, выступления продолжались.

В 1687 г. на Дону снова начал агитацию Кузьма Косой. Он призывал к походу на Москву, к ее разрушению, очищению «земли» от слуг царя-антихриста, бояр и архиереев. Его проповедь отражала казацкие мечты о равенстве и вольностях после «второго пришествия» и восстановления божьей справедливости в новом царстве социальной правды на казацкий образец. Выданного «домовитыми» казаками, Кузьму Косого замучили во время пыток в Москве.

В 1680-1690-е гг. продолжались антифеодальные выступления в Европейской России — на Дону и в других местах, на окраинах, например в Сибири. Наиболее значительным из народных движений в Европейской России было стрелецкое восстание 1698 г. Оно явилось следствием недовольства стрельцов. Разосланные в пограничные города, они терпели крайние лишения из-за тягостей службы, оторванности от семей, материальных лишений (недостаточное жалованье, вычеты из него и т. д.).

Летом этого года четыре полка московских стрельцов, ожидавших возвращения из недавно взятого Азова в столицу, направили вместо этого в Великие Луки. По пути они голодали, везли на себе артиллерию, так как лошадей из-за бескормицы не хватало. 175 человек дезертировали и явились в Москву заявить о своих обидах. Они говорили, что терпят голод и холод, что получаемого месячного жалованья не хватает и на две недели, а стрельцов-де, которые «скитались в миру» для сбора подаяния, наказывают батогами. Столичные власти, ведавшие делами управления ввиду отсутствия Петра I, уехавшего за границу в составе «Великого посольства», приняли меры, и стрельцов насильно «выбили» из Москвы.

Возбудив московское население, выражавшее симпатии стрельцам и недовольство усилением гнета — увеличением поборов в связи с азовскими походами, строительством флота и т. д., дезертиры вернулись в полки. Как и в 1682 г., среди стрельцов поползли слухи об убийстве боярами царевича Алексея Петровича — сына Петра I, оскорблении боярами царицы и якобы о смерти за границей Петра и т. д. Особенно ненавистен им был боярин Стрешнев Т.Н., который «хочет… сам на Москве властителем быть». В 1682 г. восставшие то же говорили о царевиче Иване Алексеевиче и боярине Нарышкине И.К.

Помыслы стрельцов обратились к Софье, сидевшей после событий 1689 г. — «заговора Шакловитого» — в заточении в Новодевичьем монастыре. Они хотели возвести Софью на престол до совершеннолетия царевича Алексея Петровича. В случае отказа Софьи предполагали предложить власть Голицыну В.В., который-де к стрельцам всегда был «милосерден». Стрельцы замыслили поход на Москву, избиение бояр и иноземцев, с деятельностью которых они связывали все невзгоды.

Стрельцы четырех полков 6 июня сместили начальников, избрали вместо них выборных, по четыре человека в каждом полку, и направились к Москве «страшною неурядною яростью», по словам стрельца В. Зорина. Против них московские власти послали имевшихся в наличности дворян и солдатские полки — Преображенский, Семеновский, Гордонов и Лефортов, всего примерно 2,3 тысячи человек во главе с А. Шейным и П. Гордоном.

Столкновение произошло 18 июня в 50 верстах от Москвы под Воскресенским монастырем. Стрельцы артиллерийским огнем нанесли немалый урон противнику, но ответным огнем и атакой регулярного войска были разбиты. Большая их часть попала в плен. После розыска в Воскресенском монастыре казнили 57 человек, остальных разослали в разные места.

Спешно вернувшийся 25 августа из-за границы Петр приказал свозить стрельцов в Преображенское, где в сентябре началась трагедия многодневных страшных пыток и казней. Всего в сентябре — октябре сложило головы 799 стрельцов. В 1699 г. московские стрелецкие полки раскассировали и стрельцов вместе с семьями выслали из Москвы. Петр, бывший, по замечанию Покровского М.Н., «не только самым талантливым, но и самым жестоким из Романовых», варварски расправился с повстанцами. Их трупы висели по зубцам укреплений Белого и Земляного городов. «Что ни зубец, то стрелец», — с горечью говорит народная поговорка, родившаяся в эти тяжкие годы.

Жестокая расправа, однако, не подавила дух народного недовольства, в том числе и стрельцов, которые впоследствии принимали деятельное участие в движении раскольников. Беглый московский стрелец Филипп основал целое так называемое филипповское согласие, выступившее во время астраханского восстания (1705 г.) с лозунгом неподчинения правительству и его указам. Восстание московских стрельцов 1698 г. завершило длинный ряд народных движений богатого «бунтами» XVII столетия, в том числе в Москве.