2 сентября 1793 г. Ушакова Ф.Ф. произвели в вице-адмиралы. После вступления на трон Павла I флагман обратился к императору, сохранив­шему за собой чин генерал-адмирала, с просьбой приехать в столицу. Он надеялся высказать свои мысли о флоте. Однако Павел вместо совета с моряком направил на Черное море Карцева П.К. с инспекцией. Контр­-адмирал не нашел упущений. Более того, он считал Черноморский флот подготовлен­ным лучше Балтийского. Этот результат явился следствием неустанных забот командующего, который с 1793 по 1798 год ежегодно выводил эс­кадру в плавание между Севастополем и Тарханкутом.

В 1798 г. Ушаков Ф.Ф. получил указ с эскадрой выступить на помощь Турции против французов, начавших угрожать владениям султана, 12 ав­густа эскадра направилась к Босфору. Получив гарантии турецкого прави­тельства, Ушаков ввел корабли в пролив. Появление у Буюкдере русских кораблей было воспринято в Турции с радостью. Ушаков за быстрое при­бытие получил от султана табакерку, украшенную бриллиантами.

28 авгу­ста состоялась конференция Ушакова с турецкими официальными лица­ми; после обмена мнениями было принято решение две трети соединен­ной русско-турецкой эскадры оставить для блокады Корфу, а треть по­слать для крейсерства и охранения турецких владений в Архипелаге и Албании. Ушаков намеревался изгнать с Ионических островов и материка французов, чтобы охранить берега от десантов из Анконы; крейсировать от Мореи до Родоса для прикрытия Архипелага; отделить отряд для охра­ны канонерских лодок, направляемых турками к Родосу или в поддержку английской эскадры у Александрии.

С 25 сентября по 2 ноября русские моряки освободили от французов острова Цериго, Занте, Кефалония, Санта-Мавра (Св. Мавра). На них было взято в плен до 1,5 тыс. французов, которых отправили в Морею, а оттуда в Константинополь. Из великодушия к побеждённому неприятелю Ушаков отпустил во Францию под четное слово не воевать в эту войну против России 70 офицеров с семьями. На островах было захвачено 202 орудия разного калибра. Русские потеряли в боях всего навсего два человека убитыми и шесть ранеными.

За взятие Цериго Уша­ков Ф.Ф. 28 ноября получил бриллиантовые знаки ордена Св. Александра Нев­ского, за Занте 21 декабря 1798 г. был награжден орденом Св. Иоанна Иерусалимского и получил командорство (доходы) в 2 тыс. рублей. Любопытно, что командующий участвовал во взятии всех островов, от Цериго до Корфу. Посылая вперед отряд, сам он прибывал позднее, в решающий момент. Следовательно, высокие награды были им заслужены.

18 октября с о. Занте Ушаков Ф.Ф. отправил капитана 1-го ранга Сенявина Д.Н. с русско-турецким отрядом из четы­рёх судов для овладения о. Св. Мавра, а сам с эскадрой пошёл к о. Кефалонии. По дороге он неожиданно узнал от шкипера одного купеческого судна, побывавшего в Анконе, что там французы спешно грузят два 60-пушечных корабля, которые якобы должны были отвезти на о. Корфу 2 тыс. солдат для усиления местного гарни­зона. Ушаков решил помешать французам усилиться в Корфу.

20 октября отряд из трёх кораблей и трёх фрегатов под начальством капитана 1-го ранга Селивачёва был отправлен к о. Корфу. Он должен был наблюдать за французской эскадрой, стоявшей в Корфинской гавани и прервать связь гарнизона с Италией и островами, где находились французские войска.

Однако выяснилось, что Али-паша Янинский ведёт тайные переговоры с французским генералом Миолеттом о сдаче ему крепости и острова Св. Мавра, стремясь присоединить остров к своим владениям. Ушаков Ф.Ф. отправил к Корфу на подкрепление Селивачёва корабль «Св. Троица», два турецких фрегата и корвет, сам же с остальными   судами соединённой эскадры, оставив Кефалонию, пошёл к о. Св. Мавра.

Сенявин энергично занимался осадой крепости. В крепости были уже пробиты бреши, и французы, боясь штурма, 1 (12) ноября выброси белый флаг, а на следующий день, приняв все условия Ушакова, капитулировали.

В плен было взято 512 человек, в том числе 46 офицеров. Среди трофеев были 2 знамени, 59 медных и чугунных пушек и мортир, 817 ружей, 10110 ядер и много других боевых припасов. Месячный запас продо­вольствия также до­стался победителям. А янинский паша не смог получить остров, который ему так хотелось иметь. При всей своей дерз­кой смелости он по­боялся открыто высту­пить против Ушакова Ф.Ф.

Но основной задачей являлось взятие Корфу, ядра Ионических островов. Корфу — самый крупный остро­в, который имел первоклассные крепости и большой французский гарнизон. В течение пяти веков остров Корфу принадлежал Венецианской купеческой республике. Французы захва­тили его вместе с другими островами в 1797 г. В окруж­ности о. Корфу имеет свыше 200 километров. В конце XVIII в. на нём проживало до 58 тыс. человек, преиму­щественно греков. Главный город острова также назы­вается Корфу. Город имел 1 200 больших каменных домов, «тесно построенных», и в нём проживало 20 тысяч  человек. На острове имелось до ста больших и малых деревень.

Французский гарнизон перед началом осады о. Корфу доходил до 3 тысяч человек. Продовольствием он был обеспечен на полгода. Оружием и боеприпасами снабжён очень хорошо. 636 пушек, мортир и гаубиц, преимущественно больших калибров, защищали и без того малодоступные укрепления. С моря о. Корфу защищался небольшой, но довольно сильной эскадрой, состоявшей из двух кораблей (74-пушечный «Женерос» и 54-пушечный «Леандр»), 32-пушечого фрегата («Лебрюн»), нескольких шебек, бомбард и других мелких судов.

Удобная бухта, прикрытая каменистым о. Видо, где французы построили 5 сильных батарей с гарнизоном 800 солдат, верфь и крепости делали о. Корфу не­приступным оплотом и благоприятной базой для действий против берегов Греции, Италии и Турции. Теперь эту твердыню предстояло атаковать рос­сийскому флоту. 12 ноября «Св. Павел» прибыл к острову. Сразу же нача­лись действия по усилению блокады. На берег были высажены отряды, которые во взаимодействии с местными жителями сооружали осадные ба­тареи.

30 декабря 1798 г. (10 января 1799 г.) прибыл в Корфу контр-адмирал Пустошкин С.А. с двумя новыми 74-пушечными кораблями. Отряд судов под командованием Селивачёва И.А. охранял Корфинский пролив с юга, а контр-адмирал Пустошкин с другим отрядом крейсировал в Адриатическом  море («Венецианском заливе»), не позволяя французам доставлять подмогу корфинскому гарнизону. К 1 января 1799 г. под Корфу собралось 12 русских кораблей, 11 фрегатов и несколько мелких судов.

Потребовалось несколько месяцев переговоров, дипломатической переписки, прежде чем удалось добиться от союзников-турок поставок продовольствия и отрядов десантных войск. Только в феврале удалось со­брать разосланные корабли. Медлить не приходилось, ибо письма из Ита­лии свидетельствовали: русские корабли там необходимы. Войск, конечно, было маловато. Приходилось для десанта обучать сухопутным действиям и ружейной стрельбе матросов. Но батареи были готовы и с 16 февраля вели днем сильный, а вечерами беспокоящий огонь по крепости.

17 февраля Ушаков издал приказ на атаку острова Видо, который считал ключом к Корфу. Основной ударной силой являлись корабли фло­та. Замысел состоял в том, чтобы огнем корабельной артиллерии очис­тить от неприятеля северный берег острова Видо, высадить десант и овла­деть всем островом как плацдармом для обстрела крепости. Место высад­ки избрали вне зоны огня крепостной артиллерии. Для этого были опре­делены лучшие войска и преимущественно российские корабли.

Утром 18 февраля русские корабли начали атаку, главным объектом которой были 5 батарей, против каждой из них действовали назначенные группы судов. В тот момент, когда суда занимали боевые места по расписанию, Ушаков на флагманском корабле «св. Павел», показывая пример бесстрашия, приблизился к батарее № 1 и с самой короткой дистанции обстрелял ее сокрушительными залпами ядер и картечи. Затем адмиральский корабль обстрелял батарею №2, Ушаков подошёл к третьей и подавил ее. Фёдор Фёдорович вернулся к батарее №2, которая стояла на высоком утёсистом берегу и была лучше других укреплена. Выбрав удобную позицию, он вместе с ближним фрегатом сбил сё.

Все пять батарей с окопами и траншеями подверглись внезапной атаке русских судов. Остров Видо был охвачен с трёх сторон в тесные клещи. После обстрела с кораблей неприятельские батареи ослабили огонь, и в 11 часов дня Ушаков Ф.Ф. приказал высадить заранее приготовленный десант. Обескураженные и совершенно подавленные мощным артиллерийским огнём, а также дерзкой высадкой десанта, невзирая на серьёзные препятствия, французы под стре­мительными ударами войск оставляли батареи, траншеи, окопы и уходили в глубь острова. Значительная часть их засела в центральном укреплении, но после трехчасового боя вынуждена была сдаться.

Около двух часов дня остров был взят, а французы, не успевшие бежать через пролив, сдались. Разъярённые союзники-турки, рассыпавшись по острову, беспо­щадно хватали французов, рубили им головы, по заведённому в Порте варварскому обычаю, надеялись получить за них деньги. Видя страшные зверства османов, для спасения пленных французов пришлось окружить турецкий отряд русскими вой­сками и предупредить турок, что по ним будет открыт огонь, если они попробуют схватить хотя бы одного плен­ного.

На 19 февраля был намечен штурм Корфу. Но не успели корабли занять места, как на борт «Св. Павла» прибыл адъютант генерала Шабо с предложением сдачи. 20 февраля на борту корабля был подписан акт о капитуляции француз­ских войск на острове. Ионические острова были свободны.

Так после четырёхмесячной осады капитулировала перед русским оружием сильнейшая морская крепость Корфу. Всего сдалось в плен около 2930 французов во главе с тремя генералами и  главным комиссаром Директории Дюбуа. Было захвачено 510 пушек, 105 мортир, 21 гаубица, около 5,5 тыс. ружей. В продовольственных магазинах оказалось 2,5 тыс. четвертей пшеницы и запас провианта по числу французского гарнизона на полтора месяца. Более 20 судов досталось победителям, среди них 54-пушечный корабль, 32-пушечный фрегат и мелкие суда разных типов.

25 марта 1899 г. последовал указ о производстве Ушакова Ф.Ф. в адмиралы. Пришли поздравления от Г. Нельсона и Суворова А.В. Неаполитанский король Фердинанд IV прислал флотоводцу ленту ордена Св. Януария, султан Селим — высшую награду «челенг» (алмазное перо из своей чалмы), соболиную шубу и 1000 червонцев.

После освобождения Корфу заботы адмирала не окончились, ибо потребова­лось перед отправлением к берегам Италии дать законодательное оформ­ление дальнейшего существования жителей Ионических островов. На свой страх и риск адмирал решил образовать из Корфу, Занте, Кефалонии, Итаки, Санта-Мавры, Паксоса и Цериго независимую Республику Семи Соединенных островов под покровительством России и Турции. Он же, по просьбе островитян, подготовил перед штурмом Корфу и первую кон­ституцию государства, дававшую широкие права третьему сословию.