По преданиям, происходивший из греков князь Степан Васильевич Ховра, владелец крымских городов, в 1393 г. отъехал с сыном Григорием ко двору Великого князя московского. Внук Григория, по прозванию Голова, явился родоначальником Головиных. Сын Головы стал придворным казначеем, и его потомки занимали этот пост в XV-м и XVI-м столетиях почти наследственно. Из Головиных вышло 6 бояр и 8 окольничьих. Они состояли и в войсках, и в государственных учреждениях.
Отец Головина Ф.А., Алексей Петрович, служил в приказах; позднее он был тобольским воеводой, укрепил город земляным валом и сделал первое размежевание Сибири. Федору, родившемуся в 1650 году, отец дал хорошее образование. Очевидно, только человек образованный мог иметь влияние на царя Петра, стремившегося к знаниям и окружавшего себя грамотными людьми.
